疯狂动物园中的配对系统是游戏核心玩法之一，玩家需要通过驯服成年动物并将其放入同一动物房进行繁殖。配对的基本条件是必须拥有同种类的雄性和雌性动物，且两者都处于成年状态。配对过程会消耗食物资源，所需时间从几分钟到数小时不等，玩家可以通过使用特殊道具来缩短等待时间或提高成功率。配对成功后会产生动物蛋，需要在动物房中完成孵化才能获得新个体。新生动物的属性会受到父母基因的影响，包括力量、敏捷等数值，因此选择高属性个体进行配对是优化后代品质的关键策略。
配对系统的特殊机制在于其随机性设计，即使使用相同父母个体进行多次配对，也可能产生不同属性的后代。这种设计增加了收集稀有动物的挑战性和重复可玩性。游戏中的濒危动物配对需要完成特定任务才能解锁，这类配对通常需要满足更复杂的条件，例如连续骑乘多种不同动物或达到特定地图进度。配对成功后获得的濒危动物往往具有独特外观或特殊技能，这些特性无法通过普通繁殖获得。
飞船等级是开启配对功能的前提条件，玩家需要将飞船升至3级才能解锁繁殖专用场地。在准备阶段，玩家需在地图中寻找带有配对标识的野生动物并进行驯服。完成跑酷任务后，系统会提示选择已驯服的动物进行繁殖操作。孵化阶段同样存在加速机制，玩家可选择消耗游戏币立即完成孵化，或等待自然孵化过程结束。孵化中的蛋会占用动物房空间，合理规划空位是高效管理动物园的重要环节。
配对系统与游戏其他模块存在深度联动。通过繁殖获得的新动物可以参与跑酷任务，其特殊属性能为玩家提供速度加成或技能辅助。部分隐藏动物只能通过特定配对组合解锁，这要求玩家不断尝试不同动物组合。配对产生的后代可能携带父母不具备的新特性，这种突变机制为收集全图鉴增添了策略深度。系统还设计了伴侣搜索功能，可自动匹配当前动物园中尚未配对的濒危物种，减少重复操作带来的繁琐感。
从游戏设计角度看，配对系统通过资源消耗、时间管理和遗传算法等机制，构建了完整的模拟生态循环。玩家需要在动物收集、资源分配和园区规划之间寻找平衡点。系统通过可视化进度条和即时反馈强化操作正反馈，例如配对成功率百分比和孵化倒计时显示。这些设计细节使原本复杂的繁殖机制变得直观易懂，同时保留了足够的策略空间供玩家探索。配对结果的不确定性既保持了新鲜感，又避免了完全随机带来的挫败感。
