前往一之岛需要先抵达枯叶市的码头。枯叶市作为靠海城市，拥有大型码头设施，玩家需在码头找到名为圣安奴号的游轮，通过与水手对话即可乘船前往一之岛。若已完成三座岛屿的剧情任务，则需先捕获60种不同神奇宝贝并向大木博士汇报，才能重新获得船票权限。一之岛设有光辉之路，沿此路径可抵达火山区域捕捉火焰鸟。
二周目开启后，玩家需先完成图鉴收集条件。当捕获60种宝可梦后，大木博士会升级全国图鉴，前往枯叶市码头乘船将触发新剧情。在一之岛的网络中心，NPC会告知需要红宝石修复系统。前往灯火山顶部洞穴深处可找到红宝石，但途中需击败两名火箭队成员。交还红宝石后，NPC会进一步要求寻找蓝宝石，并给予七岛通行证，解锁岛屿间的自由航行权限。
双子岛作为特殊区域，需掌握岩石推动技巧才能通行。该岛分为沙滩区域与研究中心区域，玩家需使用劲力技能推动岩石减缓水流。具体操作是将南侧两块岩石推入洞中，跳入下一层后继续推动特定岩石，最终堵住瀑布形成通路。洞穴深处可遭遇急冻鸟，建议携带水系或草系宝可梦应对。岛上同时存在火箭队基地，需击败成员才能继续研究员关于超能力宝可梦的调查任务。
七岛任务后期，玩家需在六之岛通过居合斩开启石门，进入迷宫洞穴按上、左、右、下的顺序行进获取蓝宝石。取得后会被NPC抢走并得知火箭队仓库密码，需返回五之岛输入密码进入仓库。击败仓库内的火箭队干部可夺回蓝宝石，将其交还一之岛网络中心后，设备修复完成可实现跨版本通讯。七之岛的训练师之塔提供高强度对战，而山谷中的特殊洞穴需用怪力推动石块才能激活未知图腾的捕捉区域。
