帝王三国2的副本系统分为普通、精英、传说三种难度，通关前一种难度才能解锁后续挑战。副本难度越高，获得高品质装备的概率越大，传说关卡还有机会俘虏名将。军令是进入副本的必要条件，每日上限为60个，随时间缓慢恢复，也可用黄金或礼金购买。精英和传说难度隐藏组队副本需多人协作，难度较高但奖励丰厚。
强化功能需通过主线任务解锁，装备和将领品质由颜色区分，白、绿、蓝、黄、紫、红、橙依次提升。将领学习技能受品质限制，例如紫色品质将领需成长值达到400才能学习第三个技能。培养将领时需注意属性分配，统帅影响统兵攻击加成，敏捷关联攻速与暴击率，统兵上限则取决于将领等级。合理搭配技能与属性是通关高难度副本的关键。
副本战斗需注重兵种克制与阵型策略。步兵克弓兵，弓兵克骑兵，骑兵克步兵，战斗中步兵和骑兵应置于前排，弓兵居中，车兵殿后。副本中若敌方后排输出较高，可选择最优攻击指令集中火力，或调整阵型优先切入后排。首次通关副本可获得多倍经验，扫荡副本或使用商城道具能提升效率。
白银可通过官邸征收、掠夺玩家或参与排名战等活动获取，礼金则需完成成就或开启摇钱果等特殊活动。强化石合成需消耗白银，3颗同品质强化石可100%合成更高一级。每日前5次官邸征收免费，后续需消耗黄金，征收次数越多成本越高。
组队副本是获取极品装备的重要途径，创建队伍后可邀请好友或等待路人加入。战斗中即时操作至关重要，例如集中火力、适时撤退受损单位或优先保存高价值部队。社交功能可添加好友共同挑战副本，通过洛阳地图NPC、聊天框或社交界面输入名称即可完成添加。
副本攻略的筛选规则以战斗力为基准，系统会自动抓取通关战力最低或时间最早的记录供参考。若卡关可查看其他玩家的过关回放，分析其布阵与操作逻辑。将领的初始属性受资质和成长值影响，后期培养需结合战技效果，例如风魂战技可提升攻速并延长风属性技能时效。
